Este artigo analisa como devem ser articulados o regime convencional especial da Hidrovia Paraguai–Paraná e as normas gerais do Direito Internacional dos cursos de água quando a navegação interage com outros usos e com a proteção do sistema fluvial. Mediante método jurídico-dogmático e analítico, examina o Tratado da Bacia do Prata de 1969, o Acordo de Santa Cruz de la Sierra de 1992, as regras sobre fragmentação, lex specialis e integração sistêmica, bem como as principais normas gerais aplicáveis aos cursos de água internacionais. Sustenta-se que o Acordo de 1992 constitui lex specialis em relação às matérias de navegação que regula especificamente, mas não um regime autossuficiente. Como resultado, propõe-se um critério de articulação baseado na especialidade funcional, na identificação da fonte aplicável, na compatibilidade entre normas e no exame dos efeitos das atividades sobre o sistema fluvial compartilhado.